Sim, o vale-alimentação não integra a remuneração do empregado, e, portanto, pode ser descontado mesmo em caso de falta justificada.
Mas calma! Existem exceções: caso haja convenção coletiva da categoria profissional ou acordo coletivo que defina a possibilidade de recebimento do vale-alimentação ou vale-refeição em caso de falta, estes não serão descontados.